اشعه درمانی می‌تواند باعث ایجاد عوارض کوتاه مدتی چون ریزش موها، حالت تهوع و احساس خستگی شود.در بعضی چون باعث تورم مغز خواهد شد به بدتر شدن حال بیمار منجر می‌شود. در چنین صورتی باید با استروئید درمان شود.بعضی بیماران تا هفته‌ها پس از درمان همچنان از کمبود اشتها، بی‌خوابی، ضعف و بدتر شدن عوارض قبلی شکایت می‌کنند. این عوارض براثر آسیبی است که اشعه درمانی به اعصاب و سلول‌های سالم مغز ممکن است برساند. تعداد کمی از بیماران هم در اثر ایجاد تغییرات دائمی در بافت مغز عوارض جانبی طولانی مدتی بروز می‌کند.این عوارض شامل از دست دادن قدرت تفکر و حافظه و اختلال ذهنی است.در شیوه پیشرفته اشعه درمانی‌ محل دقیق بیماری هدف قرار می‌گیرد و به همین دلیل آسیب کمتری به بافت‌های دیگر می‌رساند. از آنجایی که سیستم عصبی کودکان در حال رشد است بروز این عوارض در میان کودکان بیشتر بوده است. باید در نظر گرفته شود که مزایای اشعه درمانی بسیار بیشتر از خطرات آن بوده است. 

BBC NEWS.جندی شاپور البرز